Die legendären Pokemon Groudon und Kyogre sind aus ihrem ewigen Schlaf erwacht und stürzen die Region Hoenn ins Chaos. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt, denn die Macht der Legenden droht, Hoenn zu vernichten...
Es ist die Geschichte von Amaterasu und besonders die ihrer Tochter Ammy. Es ist auch die Geschichte, wie sich Ammys Wege mit dem kreuzen, der die Macht hat, ihr ganzes Schicksal zu verändern.